En septiembre de 1989, Colombia, Chile, Ecuador, Panamá y Perú suscribieron el Protocolo para la Conservación y Administración de las Áreas Costeras y Marinas Protegidas del Pacífico Sudeste, en el que se reconoce que es necesario adoptar medidas apropiadas para proteger y preservar los ecosistemas frágiles, vulnerables o de valor natural, y la fauna y flora amenazadas por agotamiento y extinción.

En respuesta a este compromiso, los países de la región acordaron crear la Red de Áreas Marinas y Costeras Protegidas del Pacífico Sudeste, misma que tiene como objetivo principal asegurar la protección y mantenimiento de la diversidad biológica, garantizando que los recursos sean utilizados en forma sostenible para las generaciones presentes y futuras y para su bienestar. La Red contribuye a lograr las metas de la Cumbre Mundial sobre el Desarrollo Sostenible para el establecimiento de zonas marinas protegidas de conformidad con el derecho internacional y sobre la base de información científica, incluso el establecimiento de redes antes de 2012.

La Red además contribuye a la implementación del Plan de Trabajo sobre Áreas Protegidas del Convenio sobre Diversidad Biológica, que pretende establecer y mantener para las zonas marinas sistemas nacionales y regionales completos, eficazmente gestionados y ecológicamente representativos de áreas protegidas que colectivamente, entre otras cosas, por conducto de una red mundial contribuyan al logro de los tres objetivos del Convenio y a la meta de reducir significativamente el ritmo actual de pérdida de la diversidad biológica.