Los mamíferos marinos incluyen varios grupos de mamíferos que tienen una vida completamente acuática como las ballenas (Mysticeti) y delfines y ballenas dentadas (Odontoceti), y otros que están aún en una etapa de transición hacia una vida del todo acuática como lobos o leones marinos y focas (Pinnipedia). Son especies de alto movilidad, la mayoría de ellas migratorias o de amplia distribución y por ello se requieren esfuerzos regionales para asegurar su supervivencia.

Las ballenas y delfines tienen un rol clave en el ecosistema. Se encuentran en el tope de la cadena alimenticia y por ello son reguladores de poblaciones y contribuyen a la movilización de nutrientes desde aguas más profundas hacia la superficie. Por ser animales de larga vida pero de reproducción tardía, los mamíferos marinos pueden verse afectados fácilmente por la sobreexplotación (como ocurrió en la época ballenera) o por actividades humanas como la interacción con pesquerías, la contaminación y las colisiones con barcos. Algunas especies de ballenas grandes como la azul y la franca aún no se han recuperado de la explotación a la que fueron sometidas entre los siglos XVIII y XX,

A fin de promover la conservación de todas las especies de mamíferos marinos en la región a traves de la cooperación regional, los países del Pacífico Sudeste adoptaron en 1992 elPlan de Acción para la Conservación de los Mamíferos Marinos en el Pacífico Sudeste. En el marco de este Plan de Acción se han venido realizando actividades tales como: reuniones de planificación e identificación de prioridades, consultorías nacionales, proyectos piloto sobre interacción con pesquerías, entrenamiento para desenredar ballenas, entrenamiento en herramientas para reducir el riesgo y evaluación poblacional, ejercicios de modelación de hábitat, creación de una base de datos georeferenciada y repositorio digital (SIBIMAP), entre otros.